[heise] heise online: Beschleunigte Suche im Erbgut

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20.06.2007 10:52

Beschleunigte Suche im Erbgut

Eine Wissenschaftlergruppe um den Bioinformatiker Steve Jones vom
Genome Science Center in Vancouver hat ein neues Verfahren
entwickelt[1], das die Suche nach Regulationsstellen im Erbgut künftig
erleichtern soll. Den Kanadiern gelang es, zwei bewährte Methoden zur
Ermittelung von Transkriptionsfaktoren und Bindungsstellen im Genom
miteinander zu kombinieren.

Im Experiment suchten Jones und seine Kollegen nach den Bindungsstellen
von Stat1, einem Transkriptionsfaktor, der gut beschrieben ist und sich
durch den Botenstoff Interferon aktivieren lässt. Aus mit Interferon
behandelten Zellproben wurde die Erbsubstanz isoliert und anschließend
in kleine Einzelteile zerhackt. Dabei blieben die
Transkriptionsfaktoren an der Erbsusbstanz haften. Ein Antikörper, der
nur Stat1 erkennt, zog diesen Faktor mit seiner gebundenen Erbsubstanz
heraus.

Danach ergänzten die Forscher die Methode um ein weiteres Verfahren:
Sie sorgten mit Enzymen dafür, dass Stat1 vernichtet wurde.
Anschließend kopierten sie die zurückgebliebenen Erbgutfetzen mehrfach
und gaben sie schließlich in eine Anordnung moderner, hochparaleller
Sequenzierungsapparate. Diese entschlüsselten die Reihenfolge der
Bausteine, aus denen die DNA-Stücke zusammengesetzt waren. Am Ende
berechnet eine Software dann die Reihenfolge der Erbgutfetzen und
markiert die Stellen im Genom, zu denen sie passen. 

Ergebnis: Immerhin zeigten die Vergleiche mit bekannten
Stat1-Bindungsstellen eine über 70-prozentige Übereinstimmung – bei
einer beschleunigten Umsetzung. Nachteil: Bislang ist das
Kombinationsverfahren noch sehr teuer. So etwas würde sich erst
rechnen, wenn sich die neuen Sequenzierungsmethoden etabliert hätten
und billiger würden, meint etwa Robert Geffers vom Helmholtz-Zentrum
für Infektionsforschung in Braunschweig.

Mehr zum Thema in Technology Review online:

Schalter im Genom[2]

(bsc[3]/Technology Review)

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